Tối 11/9, do ảnh hưởng của mưa lũ tại miền Bắc gây ngập đường sắt tại khu vực Phủ Lý (tỉnh Hà Nam), ĐS đã phải hủy chạy các đoàn tàu xuất phát tại ga Hà Nội gồm: SE1 (Hà Nội - Sài Gòn), SE3 (Hà Nội - Sài Gòn), SE19 (Hà Nội - Đà Nẵng), NA1 (Hà Nội - Nghệ An). Đến ngày 12/9, tuyến đường sắt Bắc - Nam đã hoạt động bình thường trở lại. 

Các mác tàu Thống nhất tiếp tục khai thác theo kế hoạch, ngoại trừ tàu SE20 xuất phát Đà Nẵng ngày 12/9 sẽ được bãi bỏ. Hành khách không đi tàu nói trên được trả lại vé, không thu phí đổi trả vé hoặc bố trí đi tàu khác nếu có nhu cầu. 

Do tình hình mưa lũ tại miền Bắc, từ ngày 12-9, ngành Đường sắt tạm ngừng chạy một số đoàn tàu trên tuyến Hà Nội - Hải Phòng, hàng ngày khai thác 4 chuyến tàu.

Theo đó, buổi sáng ngừng chạy tàu HP1 xuất phát ga Gia Lâm và LP2 xuất phát ga Hải Phòng; buổi chiều ngừng chạy tàu LP7 xuất phát ga Gia Lâm và tàu HP2 xuất phát ga Hải Phòng. Các đoàn tàu LP3, LP6, LP8, LP5 sẽ xuất phát và kết thúc hành trình tại ga Gia Lâm (không di qua cầu Long Biên). 

Các đoàn tàu SP3, SP4 tuyến Hà Nội - Lào Cai vẫn tạm ngừng đến hết ngày 15-9 cho đến khi có thông báo mới.