Cụ thể, tàu SE1 xuất phát tại ga Hà Nội 22h15 đến Sài Gòn5h45, tàu SE2 xuất phát tại ga Sài Gòn 21h55 đến Hà Nội 5h30. Theo hành trình, Đoàn tàu dừng chủ yếu tại các ga lớn: Huế (10h54), Đà Nẵng (13h42) và ngược lại Đà Nẵng (14h01), Huế (16h35). Đây là đôi tàu có hành trình nhanh và được ưu tiên nhất trên tuyến đường sắt Bắc - Nam.

Đối với tàu địa phương, từ ngày 24/4, Tổng công ty ĐSVN cũng tổ chức chạy lại một số đôi tàu khách trên các tuyến (mỗi tuyến 1 đôi) gồm: Hà Nội - Vinh (NA1/2); Hà Nội - Hải Phòng (LP5/6); Hà Nội – Yên Bái (YB3/4); Sài Gòn - Đà Nẵng (SE21/22); Sài Gòn - Nha Trang (SNT1/2); Sài Gòn - Phan Thiết (SPT1/2) với hành trình cụ thể như sau: Tuyến Hà Nội - Hải Phòng, từ ngày 24/4/2020, tổ chức chạy tàu LP5 chạy tại ga Hà Nội 15h20 (chạy tại Long Biên 15h30 thứ 2 - thứ 6); tàu LP6 chạy tại ga Hải Phòng 9h05. Tuyến Hà Nội - Vinh: Từ ngày 23/4/2020, tàu NA1 chạy tại ga Hà Nội 22h45; tàu NA2 chạy tại ga Vinh 22h05. Tuyến Hà Nội – Yên Bái và ngược lại: Từ ngày 24/4/2020, tàu YB4 chạy tại ga Yên Bái 14h45. Từ ngày 25/4/2020, tàu YB3 chạy tại ga Hà Nội 6h10. Tuyến Sài Gòn - Đà Nẵng và ngược lại chạy đôi tàu SE21/22 từ ngày 25/4. Tuyến Sài Gòn - Nha Trang  và ngược lại chạy  đôi tàu SNT1/2 từ ngày 29/4. Tuyến Sài Gòn - Phan Thiết và ngược lạị chạy tàu đôi tàu SPT1/2 (trước mắt tổ chức chạy trong các ngày từ 29/4 đến 4/5/2020). Đặc biệt, hành khách mua vé tàu tuyến Hà Nội - Vinh sẽ được giảm giá từ 10-30%.