Ngày 22/7/2014, Đảng ủy Tổng công ty ĐSVN đã ban hành Nghị quyết số 12-NQ/ĐU về Tiếp tục thực hiện Đề án “Tái cơ cấu Tổng công ty ĐSVN”, trong đó quyết định nhiều vấn đề quan trọng.

Theo đó, Ban Thường vụ Đảng ủy thống nhất: Thực hiện cổ phần hóa 2 công ty vận tải hành khách ĐS Hà Nội và Sài Gòn thành 2 công ty cổ phần Vận tải ĐS Hà Nội và Sài Gòn theo lộ trình: Hoàn thành việc chuyển đổi 2 công ty hạch toán phụ thuộc thành 2 công ty TNHH MTV Vận tải ĐS Hà Nội và Sài Gòn do nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ trong năm 2014 để các công ty TNHH MTV Vận tải ĐS Hà Nội và Sài Gòn hoạt động từ 1/1/2015. Việc chuyển đổi các công ty TNHH MTV Vận tải ĐS thành các công ty cổ phần hoàn thành trong năm 2015 để các công ty CP Vận tải ĐS Hà Nội và Sài Gòn hoạt động từ 1/1/2016. Đối với Nhà máy Xe lửa Gia Lâm: sáp nhập Xí nghiệp Cao su ĐS vào Nhà máy Xe lửa Gia Lâm; tách Nhà máy Xe lửa Gia Lâm ra khỏi Công ty VTHK ĐS Hà Nội và chuyển thành công ty TNHH MTV nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ, hoàn thành trước ngày 31/12/2014. Thực hiện cổ phần hóa Công ty TNHH MTV Xe lửa Dĩ An và Công ty TNHH MTV Xe lửa Gia Lâm thành 2 công ty cổ phần Xe lửa Dĩ An và Gia Lâm trong năm 2015 để 2 công ty cổ phần này hoạt động từ 1/1/2016. Đối với các công ty bảo trì kết cấu hạ tầng ĐS: cổ phần hóa 20 công ty quản lý kết cấu hạ tầng ĐS thành 20 công ty cổ phần bảo trì kết cấu hạ tầng ĐS (trong đó có 15 công ty cổ phần bảo trì cầu, đường sắt và 5 công ty cổ phần bảo trì thông tin tín hiệu ĐS). Việc chuyển đổi thực hiện trong năm 2015 để các công ty cổ phần này hoạt động từ 1/1/2016. Đối với các đơn vị sự nghiệp như: Trường cao đẳng nghề ĐS, Trung tâm Y tế ĐS và Báo ĐS, Tổng công ty yêu cầu xây dựng phương án tổ chức và cơ chế hoạt động phù hợp. Từ năm 2015, Trường cao đẳng nghề ĐS là đơn vị sự nghiệp có thu, trực thuộc Tổng công ty ĐSVN, tự đảm bảo 50% chi phí hoạt động thường xuyên và từ năm 2020 tự đảm bảo 100% chi phí hoạt động thường xuyên. Trung tâm Y tế ĐS tự chủ về tài chính, hoạt động độc lập từ 1/1/2016. Tổng công ty và các đơn vị trong Tổng công ty đặt hàng để Trung tâm thực hiện các nhiệm vụ liên quan đến công tác y tế thông qua hợp đồng kinh tế. Báo ĐS là đơn vị sự nghiệp có thu, tự cân đối kinh phí đảm bảo hoạt động thường xuyên từ 1/1/2016. Hội đồng thành viên Tổng công ty chỉ đạo rà soát, nghiên cứu và đề xuất việc thoái vốn của Tổng công ty tại các công ty cổ phần tư vấn, xây dựng cơ bản xuống dưới 30% vốn điều lệ trong tháng 9/2014 để xem xét, trình cấp thẩm quyền phê duyệt. Ban Thường vụ Đảng ủy Tổng công ty cũng yêu cầu Hội đồng thành viên Tổng công ty chỉ đạo hoàn thiện đề án “Tổ chức, quản lý, khai thác và kinh doanh kết cấu hạ tầng ĐS quốc gia” để trình Thủ tướng Chính phủ, Bộ GTVT trong tháng 7/2014.