Ngày 7-7-2011, Đảng ủy ĐSVN và Hội đồng thành viên (HĐTV) ĐSVN đã ban hành Quy chế số 04-QCLT/ĐU-HĐTV về việc phối hợp công tác giữa BCH Đảng bộ với HĐTV ĐSVN.

Theo đó, sự phối hợp công tác trong lãnh đạo chấp hành chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước và thực hiện nhiệm vụ chính trị của ĐSVN được thực hiện trên các mặt:
BCH Đảng bộ ĐSVN tổ chức học tập, quán triệt, ban hành chương trình hành động thực hiện các nghị quyết của Đảng, ra nghị quyết về nhiệm vụ chính trị của Đảng bộ hàng năm, từng quý có kiểm điểm, bổ sung để lãnh đạo thực hiện; thảo luận để thống nhất ý kiến về những dự án đầu tư lớn thuộc nhóm A và các dự án đặc biệt mà ĐSVN trình cấp trên phê duyệt; thảo luận và tham gia đóng góp điều chỉnh chiến lược, quy hoạch phát triển GTVT ĐS, các chỉ tiêu chủ yếu trong kế hoạch phát triển KTXH ĐSVN trong từng giai đoạn và các nhiệm vụ quan trọng khác do HĐTV, Tổng giám đốc ĐSVN đề nghị.
Ban TV Đảng ủy ĐSVN tham mưu, chỉ đạo chuẩn bị các nội dung mà BCH Đảng bộ sẽ thảo luận và quyết nghị; Cử đại diện của cấp ủy dự các cuộc họp do HĐTV hoặc Tổng giám đốc ĐSVN mời; Ban hành nghị quyết, chỉ thị chuyên đề để lãnh đạo những lĩnh vực trọng yếu trong quá trình triển khai thực hiện nghị quyết của đại hội, của BCH; Tổ chức kiểm tra, đánh giá và chấn chỉnh việc thực hiện các nghị quyết của Đảng trong ĐSVN. Khi cần thiết, tập thể BTV làm việc với HĐTV và Tổng giám đốc để nắm tình hình và cho ý kiến về một số lĩnh vực cụ thể của ĐSVN.
HĐTV ĐSVN có trách nhiệm quản lý hoạt động của ĐSVN đúng pháp luật, đúng định hướng phát triển của Nhà nước, của đại hội đảng bộ và các nghị quyết của BCH Đảng bộ đề ra; Chuẩn bị các nội dung liên quan, tham gia xây dựng các nghị quyết, chương trình hành động, các chỉ thị của Đảng ủy khi Đảng ủy yêu cầu; Tiếp thu ý kiến của Đảng ủy trước khi thông qua các nghị quyết của HĐTV, đảm bảo các nghị quyết của HĐTV phù hợp với pháp luật và nghị quyết của Đảng ủy. Cuối năm, HĐTV báo cáo bằng văn bản về kết quả SXKD của ĐSVN với BTV Đảng ủy, đồng thời đề xuất giải pháp để lãnh đạo và chỉ đạo ĐSVN hoạt động năm tiếp theo có hiệu quả.
HĐTV giao Tổng giám đốc ĐSVN thực hiện quyền và trách nhiệm điều hành hoạt động của ĐSVN theo quy định của pháp luật và Điều lệ ĐSVN, đảm bảo thực hiện nghiêm túc các nghị quyết của Đảng ủy và HĐTV. Chủ động báo cáo với BTV và HĐTV những vấn đề mới phát sinh trong quá trình điều hành để điều chỉnh chủ trương, kế hoạch và giải pháp lãnh đạo có hiệu quả. Chỉ đạo các cơ quan tham mưu liên quan xây dựng chương trình, kế hoạch thực hiện các chủ trương, nghị quyết của Đảng và Nhà nước. Tổng hợp báo cáo Đảng ủy và HĐTV tình hình, nhiệm vụ thực hiện kế hoạch SXKD, đời sống xã hội trong ĐSVN theo định kỳ từng tháng, quý, hàng năm và khi có yêu cầu. Tổ chức kiểm tra và chỉ đạo các cơ quan tham mưu của ĐSVN phối hợp với các cơ quan tham mưu của Đảng ủy để kiểm tra, đánh giá và chấn chỉnh việc thực hiện các nghị quyết của Đảng ủy về SXKD, đời sống, thu nhập của người lao động, việc tổ chức thực hiện các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong ĐSVN.
Trong việc lãnh đạo công tác tổ chức cán bộ, BCH Đảng bộ ra nghị quyết về đề án tổ chức lại ĐSVN trước khi HĐTV trình các cơ quan có thẩm quyền phê duyệt; các vấn đề khác về tổ chức và cán bộ ủy quyền cho BTV thực hiện.
BTV thực hiện nhiệm vụ được phân cấp về tổ chức, cán bộ theo quy chế của BCH Đảng bộ ban hành kèm theo Quyết định số 32-QĐ/ĐU ngày 12-11-2010. Các vấn đề về tổ chức, cán bộ được BTV bàn thống nhất sẽ được thông báo bằng văn bản để HĐTV và Tổng giám đốc thực hiện các bước theo thẩm quyền.
HĐTV, Tổng giám đốc thực hiện trách nhiệm về công tác cán bộ theo quy định của Nhà nước và quy chế của Đảng ủy; trong trường hợp HĐTV, Tổng giám đốc có ý kiến khác với nghị quyết hoặc kết luận của BCH, BTV thì báo cáo lại trước khi quyết định hoặc trình cấp trên quyết định.
Trong việc lãnh đạo công tác kiểm tra, giám sát, khen thưởng, kỷ luật, BCH Đảng bộ, BTV Đảng ủy lãnh đạo và tổ chức thực hiện công tác kiểm tra, giám sát, khen thưởng, kỷ luật trong Đảng theo Điều lệ Đảng và các hướng dẫn của cấp trên; kết luận về kiểm tra, giám sát, kỷ luật các tổ chức đảng và đảng viên (thuộc diện BTV quản lý) được gửi HĐTV, Tổng giám đốc, thủ trưởng trực tiếp có liên quan đến tổ chức, cá nhân đảng viên để theo dõi, xử lý. Trong trường hợp cần thiết, Đảng ủy đề nghị HĐTV, Tổng giám đốc cử cán bộ tham gia công tác kiểm tra, giám sát của Đảng.
BTV Đảng ủy cho ý kiến bằng văn bản để Hội đồng thi đua khen thưởng ĐSVN xét, đề nghị khen thưởng và phong tặng các danh hiệu: Anh hùng, Chiến sỹ thi đua toàn quốc, Huân chương Lao động hạng Nhất trở lên cho tập thể, cá nhân trong ĐSVN.
HĐTV, Tổng giám đốc thực hiện trách nhiệm và quyền hạn về công tác kiểm tra, giám sát, khen thưởng, kỷ luật các tổ chức và cá nhân cán bộ lãnh đạo, quản lý và người lao động theo quy định. Đảng ủy cử thành viên tham gia các hội đồng kỷ luật, khen thưởng của ĐSVN. Trong trường hợp cần thiết, HĐTV, Tổng giám đốc mời đại diện Đảng ủy tham gia các đoàn kiểm tra, các hội đồng tư vấn, các ban chỉ đạo. Kết quả công tác kiểm tra của HĐTV, Tổng giám đốc được gửi BTV để phối hợp theo dõi, xử lý; việc xét kỷ luật cán bộ trong diện đảng ủy quản lý được thực hiện sau khi có ý kiến bằng văn bản của BTV Đảng ủy ĐSVN.